此后明军增兵扼守要地并切断日军粮道。

日军缺粮，被迫放弃朝鲜王京，退缩至釜山开始与明军谈判，和谈期间军事行动暂停，使得战争进程被拉长。

1597年初，因日本提出无理要求，谈判破裂。

丰臣秀吉陆续增兵十四万、战舰数百艘，再次进军朝鲜。

朝鲜水军将领李舜臣在鸣梁海战中大败日军，明军也再次进入朝鲜，在稷山、青山等地重创日军，迫其退守蔚山、泅川、顺天等城。

1598年八月，丰臣秀吉病死，遗命从朝鲜退兵，日军士气低落。

十一月，日军集结五百艘船只在露梁海面，与明将陈璘和朝将李舜臣的水军展开最后一次大规模水战。

李舜臣和明朝老将邓子龙先后战死，但岛津义弘的舰队也被歼灭二百余艘，日军残部仓皇逃回日本，不自量力的入侵计划宣告惨败。

明军将日军赶出朝鲜后班师回国，朝鲜的藩属国地位也得到了恢复，继续在明朝所主导的东亚封贡体系中扮演藩属国的角色。

三大征的最后一征是播州之役。

播州土司杨应龙妄图割据，扩充势力且不听命于朝廷。

公元1600年明朝派李化龙兵分八路进攻，杨应龙凭险抵抗，历时四年，最终明军攻克播州，杨应龙兵败自杀。

三大征虽然皆以明朝获得了胜利，可据统计，三次战役总共消耗了明朝一千一百六十余万两白银。

通过改革富裕起来的财政再度陷入亏空。

明朝的军力、财力、国力受到严重削弱，东北边防支出降低，一定程度上为努尔哈赤在建州的崛起创造了条件。

这对明朝后续发展产生了严重负面影响，也加速了明朝的衰落。

虽然三大征都是箭在弦上不得不发，但如果改革没有被废止，如果万历没有摆烂放任朝政崩坏，大明绝不至于因为三次战役就一蹶不振。】