不过在扬州十日发生前，还有一关键变故导致了朝廷没能派兵支援扬州，那便是代表东林党利益的左良玉发动了造反。

公元1645年，清军挥师南下即将进攻长江防线之前，左良玉以解救太子、讨伐首辅马士英为口号，在湖广发动了“清君侧”。

马士英急调江北兵力前往西边镇压左良玉。

而当时大顺军在清军追击下也进入湖北襄阳，左良玉将湖广兵力抽调一空起兵东下，间接导致了湖北等地的沦陷。

不久后扬州在孤立无援寡不敌众下沦陷，史可法、刘肇基，以及一万余扬州守军和数十万扬州百姓被杀。

由于江北兵力被抽调去对付左良玉了，兵力空虚下，长江这道天险就这样被清军轻易渡过，兵临南京城下。

弘光政权的勋贵大臣又和北京城的投降派一样开城投降，国都南京城就此被清军轻易占领。

弘光皇帝朱由崧被清军处死，弘光政权灭亡。

清军随后强制推行剃发令，引发嘉定百姓强烈反抗。

在黄淳耀、侯峒曾等率领下，嘉定百姓多次与清军交战，清军于七月初四、七月二十六日、八月十六日或七月二十七日对嘉定进行了三次屠杀。

导致的南明百姓和军兵约有十万余人丧生，史称嘉定三屠。

而从南京临阵逃跑的马士英又在杭州拥立潞王朱常淓为监国。

但监国仅仅七天后，清军又攻破了杭州城，潞王投降。

潞王朱常淓投降后被押赴北京，第二年被清廷处死。

马士英则又一次逃出生天，先投靠严州总兵方国安，方国安军被清军击败后，马士英欲投靠唐王，被拒后又投奔太湖义军吴易军。

后来清军进剿太湖，马士英兵败，逃入四明山削发为僧，后被清军俘虏杀死。

而左良玉的结局是，1645年他以“清君侧”之名，欲邀九江守将袁继咸一同造反，遭拒。

其部下便私自放火烧了九江城，左良玉当场吐血，当晚不治而亡.。

他死后，其子左梦庚率部继续东下，后遭南明黄得功阻击，退回九江。

此时正值清军英亲王阿济格追赶李自成残部至九江，左梦庚便于左良玉造反的同年投降了清军，其所部被编入汉军正黄旗，调转矛头对付南明王朝。