由于明朝廷有防范朱棣作乱的准备，因此朱棣军刚出天津准备南下就遭到明军的奋力抵抗。

朱棣于1398年7月初起兵南下攻打南京，由于朱允炆要张罗明朝搬家的事情，因此明军对朱棣军的抵抗非常顽强，使朱棣军寸步难行。

由于朱元璋生前心愿是要跟朱元文一起去欧洲，加上朱元文担心朱棣对朱元璋的尸骨不敬，因此朱允炆按照拜火教的规矩给朱元璋做了火葬，并将朱元璋的骨灰装坛，准备带去欧洲安葬。随后，朱元文便忙着落实搬家的各项事宜。

随着明朝搬家的事情件件落实到位，明朝廷通过更换明军主帅的方式让朱棣军逐步南下。

一切搬家事项都全部落实后，朱允炆召见锦衣卫和洪门的潜伏人员的头目，给他们授予印章、接头信物和暗语等，国内潜伏组织与海外锦衣卫和洪门的联络方式，同时给他们下达潜伏任务。锦衣卫和洪门是朱元璋留给朱允炆最宝贵的遗产，朱允炆到达欧洲，洪门控制的共济会和光明会将成为朱允炆统治欧洲和美洲的重要手段。

散落民间的明朝廷史官文献记录，在朱棣军进入南京城前三个月，200多艘战舰、运兵200多艘船、100多艘货船停靠在南京长江军港码头，他们利用晚上不停地往这些船上搬运各种物品和物资，装运大批穿着各种平民服装和携带器械的人员，但这些人的体态和气质不像平民，很像官员、军人和文人。连续这样装运了几个晚上，在一个晚上，最后一批人上船后，这支庞大的舰队起航，向长江出海口全速驶去！

建文四年六月（1402年7月），燕王朱棣率领燕军，攻到了南京，这时，谷王朱橞和李景隆叛变了，打开了金川门，迎接朱棣大军进城，朱棣就这样攻进了京师南京。

朱棣进城后看到，整个南京城各地房子都在燃烧，王宫区域火势最大，朱棣带领部队进城的道路两旁挤满了下跪哭啼的人群，在道路两旁的树上和屋檐下挂满了，害怕被朱棣清算而上吊自尽朝廷官员和后官佳丽及宦官！

朱棣进入王城后宫大殿广场后，后宫太监们搬来三具已经烧焦的尸体，主管太监对朱棣说：这是朱允炆、皇后和皇太子的尸体。

当时，朱棣军看到整个皇城和皇宫已经烧成残檐断壁，找不到一个会说话的朝廷官员，也找不到一件有用的东西，朱棣想，这不是搬家逃跑才有的样子吗？！

朱棣知道这些太监在骗他，但是为了自己能够顺利登记称帝，只能哭着呼喊：贤侄啊！我朱棣只是来“清君侧”，并不想伤害你啊，你为什么要自寻短见啊？！

几天后，朱棣在南京城的废墟上登基称帝，称为明成祖，年号永乐。

朱元璋号称明太祖，说明朱元璋是明朝的开国皇帝，而朱棣也称自己为祖，说明朱元璋和朱允炆没有给他留下任何有用的东西，明朝要靠他重新再来！

当然，朱棣和明朝的麻烦事从此开始了！