王在晋退守山海关的主张，遭到宁前兵备佥事袁崇焕、赞画孙元化等的反对。孙承宗亲赴山海关考察，回京后面奏王在晋不足任。

天启2年8月，王在晋被调任南京兵部尚书。孙承宗自请为督师，用阎鸣泰为辽东巡抚，鹿善继、王则古为赞画，辽海防务交由登莱巡抚袁可立。

天启3年，孙承宗认为阎鸣泰没有实际才能，用张凤翼接替。但张凤翼胆小，主张退守山海关，多数将领都想退守山海关。

天启4年2月，喻安性接任辽东巡抚。喻安性到任后，巡视军务，筹划边防，抚慰士卒，为巩固辽东防务日夜操劳。

天启4年5月，袁可立因忤逆魏忠贤辞职离任。

天启5年8月，马世龙误信生员刘伯镪之言，造成柳河溃败。事后马世龙被弹劾离职，孙承宗、喻安性被罢免，高第接任辽东经略，辽东巡抚一职被裁撤。

孙承宗坐镇辽东四年，与天津巡抚李邦华、登莱巡抚袁可立遥相呼应，确保了山海关安然无恙，使大明得以养精蓄锐。

在这样相对安定的大背景下，按照战功来衡量，似乎孙承宗有些碌碌无为。兵部尚书王永光对孙承宗积极防御评价：兵家有云，善战者，无赫赫之功。

孙承宗与袁可立是很好的搭档，从柳河之役的失败来看，袁可立的离任对孙承宗的军事行动有很大的影响。

从战争结果看，袁可立的实战能力更强，在登莱缺粮少援的弱势状态下，竟然能在数月内组合优势兵力纵横海上，战线绵延上千里，调度两镇兵马多次奇兵突袭。以反间计策反女真女婿刘爱塔，连克金、复、盖三卫及旅顺、红嘴、望海、永宁等多堡要地，使女真数年间蜷缩一隅无以西窥。

袁可立的登莱战区成为明清战争史上唯一主动出击叫战的正面战场。

高第接替孙承宗后，认为关外守不住，命令军队全部撤出锦州及右屯等地。袁崇焕向高第极力争辩，表示宁愿死在宁远，也不愿撤离。高第无法强迫袁崇焕，将锦州等地军民尽数撤离。

天启6年正月，努尔哈赤得知孙承宗被罢免，率军西渡辽河进攻宁远城。

袁崇焕写下血书，与大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可纲等将士盟誓，以死守城。

女真军在红夷大炮的轰击下损失惨重。纵横沙场鲜有败绩的努尔哈赤在宁远吃了大亏，战后又被袁崇焕派人嘲讽，内心抑郁成疾。

宁远保卫战胜利后，大明举国欢喜，袁崇焕升任右佥都御史。高第与总兵杨麟被罢免，王之臣和赵率教接任。

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天启6年3月，袁崇焕升任兵部右侍郎兼辽东巡抚。袁崇焕逐渐骄横与满桂不和，满桂被调回朝。经略王之臣奏书请求留住满桂，袁崇焕又因此与王之臣闹不和。朝廷担心影响大事，于是将两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。

天启6年8月，68岁的努尔哈赤病逝。史学界有很多人认为努尔哈赤是被袁崇焕的红夷大炮所伤，医治无效而死，但却没有具体的依据。