这场洪武大案的最终处理结果是：主印官员（即掌握印把子的人）处死，副手以下杖一百充军远方。

《明史·刑法志》记载：“时帝方盛怒……丞相御史莫敢谏……系死者数万人……二狱（空印案与郭桓案）所诛杀已过当，而胡惟庸、蓝玉两狱，株连死者且四万。”

方孝孺《叶郑传》说：“行省言臣二十余辈、守令署印者皆欲置之死。”

吴晗《朱元璋传》说空印案与郭桓案一共杀了七八万人，《国史概要》也说空印案与郭桓案连坐被杀的人数以万计。

史载，空印案爆发的当年，天象有所变化，朱元璋下诏求言，就有空印案的家属兄弟郑士利上书朝廷。

郑士利认为，朝廷要办空印大案，是害怕空印被有心人利用，欺上瞒下祸害地方，但这是不可能的。

郑士利的观点：

第一，空印账册盖的都是骑缝印，具体到每张纸上的印迹都不完整，与一纸一印并不同，即使流散了出去，也办不成什么事，何况这盖了章的白纸也很难轻易流散出去。

第二，钱粮这些账目数字，府必合省，省必合部，出入对错，最后都是户部说了算。而部、省之间的距离，往往能相隔数千里远，一旦出错，那一次往返差不多也要一年时间。提前准备空印，这也是权宜之计。

第三，朝廷要立法，必须要有明确的律令，而后根据律令来惩处枉法者。但是，本朝开国并没有针对空印的律例，朝廷以此来治罪，不能服众。

第四，朝廷培养一个合格的官员很难，能官至州府的官员，更是要耗费大把时间来培养，这些有丰富理政治民经验的官员，并非草菅可割而复生。

四条观点也的确是准备讲道理，可结果呢？

朱元璋大怒，郑士利被流放（因为只是个人上书），空印案牵连的官员不仅没被赦免，就连才放出去的兄长郑士元，也一起被连累流放。

从此，就能够看出大明对地方财政税权的任何更化，到底是有多么的警惕了……