言罢，当场遇害，董卓随后派人查办伍孚同党，何颙入狱，郑泰、华歆等人逃亡投奔袁术。

司徒王允亦有心刺董，他利用美人计，先将美女貂蝉献给吕布，后又把貂蝉送于董卓，再由貂蝉从中挑拨，说服了董卓的义子吕布，共谋董卓。

初平三年（192年）四月二十三日清晨，董卓乘车前往皇宫计划参加皇帝的庆祝会，吕布随从护卫。当董卓车队行至北掖门外时，皇宫宿卫李肃等人持长戟冲出，刺向董卓，董卓朝服内穿铠甲，所以未伤及要害，而李肃刺伤董卓手臂，并将其刺下车来。

董卓疾呼：“我儿奉先何在？！”

这时候吕布不慌不忙的掏出准备好的诏书，喊道：

“有诏讨贼臣！”

直到此时，董卓才发现吕布背叛了自己，大骂吕布：“庸狗敢如是邪！”

吕布则率众人上前将董卓当场斩杀。太师府主薄田景及仆人上前抱住董卓的尸体，吕布又将他们杀死，杀了这三人之后，在场其他的人都不敢动了。

随即，王允立刻让信使往各政府部门送达赦免诏书。

董卓被杀，朝廷上下一片欢腾。董卓祸国殃民的行径，激起了天下人们的极度痛恨，铲除董卓，不仅顺应时代潮流，而且合乎天下民心。它的意义不仅仅只在于谋杀董卓一名国奸臣，而且还深刻影响着东汉末年的历史进程。

王允，用自己对朝廷的赤诚和一身正气赢得了铲除董卓斗争的胜利和世人的称赞。

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随即王允“录尚书事，总朝政，遣使张种抚慰山东”。又拜皇甫嵩为征西将军，诛杀董氏一族，查抄郿坞资财。随后再请皇甫嵩接管董卓军队，皇甫嵩以年事已高为由拒绝。王允遂以吕布为大将军，总览天下兵马，实际上只能控制长安城兵马。

作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来。

心道：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”

他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。

“及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”

每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。

吕布想把董卓的财物赏赐公卿、将校，王允又不准。王允平日却看不起吕布，以剑客对待他。吕布也认为自己有功劳，自吹自擂，既不得意，渐渐与王允不和。