特别行动队决定兵分两路，一路由神秘舰队的战士和混沌宇宙的修士组成，负责吸引敌人的注意力，制造混乱；另一路由幻魔宇宙的魔法师组成，利用魔法的隐蔽性和灵活性，悄悄潜入指挥中心内部，摧毁其核心设施。

神秘舰队的战士们驾驶着战舰向指挥中心发动了猛烈的攻击，他们故意暴露自己的位置，吸引敌人的火力。混沌宇宙的修士们则在一旁运用灵能干扰敌人的防御系统和指挥系统，为魔法师们的潜入创造有利条件。

幻魔宇宙的魔法师们施展魔法，将自己的身形隐匿起来，悄悄地靠近指挥中心。他们利用魔法避开了敌人的巡逻队和防御设施，成功潜入了指挥中心内部。

在指挥中心内部，魔法师们发现了一个巨大的能量反应堆，这就是整个指挥中心的核心动力源。一旦摧毁这个反应堆，整个指挥中心将陷入瘫痪，神秘组织的指挥系统也将随之崩溃。

魔法师们迅速行动起来，他们在反应堆周围布置了强大的魔法炸弹，这些炸弹蕴含着巨大的魔法能量，足以摧毁这个坚固的反应堆。布置好炸弹后，魔法师们迅速撤离指挥中心，与外面的队友会合。

随着一声巨响，魔法炸弹被引爆，巨大的能量冲击波瞬间将指挥中心夷为平地。能量反应堆发生了剧烈的爆炸，释放出强大的能量，将周围的一切都化为灰烬。神秘组织的指挥系统陷入了瘫痪，敌人陷入了一片混乱之中。

特别行动队趁机发动了最后的攻击，他们对敌人的残余力量进行了全面的清扫，将这个神秘组织彻底摧毁。在战斗结束后，特别行动队带着胜利的成果返回了联盟总部。

这场胜利为联盟消除了一个巨大的潜在威胁，让宇宙再次恢复了和平与安宁。然而，联盟也从这次事件中深刻地认识到，宇宙中仍然存在着许多不稳定的因素和潜在的危险，他们必须时刻保持警惕，加强自身的实力建设和情报收集能力，才能更好地应对未来可能出现的各种挑战，守护宇宙的和平与繁荣。

在接下来的日子里，联盟各文明继续携手共进，在科技研发、文化交流和军事防御等方面不断取得新的突破和进展。他们修复了战争中受损的星球和设施，帮助那些受到神秘组织影响的文明恢复生机，同时加强了对宇宙各个区域的巡逻和监测，确保类似的威胁不再出现。