然而，就在宇宙文明教育体系逐步走上正轨的时候，一场新的危机悄然降临。在宇宙的一个偏远角落，一个神秘的组织悄然崛起。这个组织对宇宙联盟的新秩序心怀不满，他们认为各个文明应该保持独立发展，不应该受到宇宙联盟的约束。

这个组织开始在暗中煽动一些小型文明的不满情绪，试图破坏宇宙的和平与稳定。他们制造了一系列的恐怖袭击事件，袭击宇宙联盟的运输船队和星际通讯设施，给宇宙的经济和通讯带来了严重的影响。

小辉和星耀得知消息后，立刻展开调查。他们发现，这个神秘组织背后似乎隐藏着更深的势力，其目的不仅仅是破坏宇宙联盟，还可能涉及到对新能源的非法掌控。

“我们必须尽快找出这个组织的幕后黑手，阻止他们的阴谋。否则，宇宙的和平将再次受到威胁。”小辉神色凝重地说道。

星耀点头表示赞同：“没错，我们要加强宇宙联盟的安保力量，同时深入调查这个组织的活动轨迹和背后的势力。”

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宇宙联盟迅速成立了特别行动小组，负责调查和打击这个神秘组织。小辉和星耀亲自指挥行动，他们利用宇宙联盟的情报网络，对神秘组织的一举一动进行严密监控。

在一次追踪行动中，特别行动小组终于发现了神秘组织的一个秘密据点。小辉和星耀带领着行动小组，迅速展开突袭。据点内，一场激烈的战斗随即爆发。神秘组织的成员们负隅顽抗，但在小辉和星耀的带领下，行动小组凭借着出色的战术和强大的战斗力，逐渐占据了上风。

在战斗的关键时刻，小辉发现了一个重要线索。原来，这个神秘组织与一个曾经被击败的黑暗势力残余有着千丝万缕的联系。他们企图借助这个神秘组织，重新崛起，夺回对宇宙的控制权。

“看来我们的敌人并没有彻底消失，他们一直在等待时机。”小辉将这个发现告诉了星耀。

星耀的眼神中透露出坚定：“不管他们有什么阴谋，我们都不会让他们得逞。这次，我们一定要彻底将他们消灭。”

经过一番艰苦的战斗，特别行动小组成功摧毁了神秘组织的据点，抓获了大部分成员。但神秘组织的首领却在混乱中逃脱了。

小辉和星耀并没有因此而放松警惕，他们知道，敌人不会善罢甘休。为了彻底铲除这个威胁，他们加大了调查力度，同时加强了宇宙联盟的防御体系。

在追捕神秘组织首领的过程中，小辉和星耀得到了一个意外的帮助。一位曾经被神秘组织迫害的小型文明的领袖主动联系了他们，提供了关于神秘组织首领可能藏身之处的重要线索。