隆庆年间，俺答汗与明朝达成隆庆和议。农耕文明与游牧部落达成和解，开通互市，建立了密切的经济、政治关系，确保了双方边境地区的长期和平。

万历10年俺答汗逝世后，俺答汗之妻三娘子按照蒙古旧俗，先后嫁给俺答汗长子黄台吉、长孙扯力克、扯力克长孙卜石兔四任土默特部首领，尽力维持蒙汉和睦相处，不用兵戈长达二十年 ，为蒙汉两族的民族团结作出了巨大贡献。

万历35年，卜石兔与素囊台吉争夺土默特及顺义王承袭权，土默特部逐渐分裂为东、西土默特。在蓟州边外的部众称东土默特，留在归化城的称西土默特。

俺答汗时期西征瓦剌，进兵青海，命其子丙兔留驻青海，控制着青海大部分地区。崇祯5年，漠北蒙古赛音诺颜汗部首领图蒙肯又称却图汗，率部入青海，征服青海的土默特分部。

崇祯初年，卜石兔被察哈尔部林丹汗攻击卒于河套，顺义王位告寝。东土默特部的鄂木布楚琥尔、善巴因惧怕林丹汗，率先归附女真。西土默特部俄木布和耿格尔被皇太极征讨战败后，归附女真。

阿鲁科尔沁、四子部落、乌喇特、茂明安、翁牛特、伊苏特、喀喇车里克、阿巴噶、阿巴哈纳尔统称为阿鲁部。

乌喇特部三兄弟与四子部落僧格四兄弟以及茂明安部车根都是堂兄弟关系，是阿鲁科尔沁部首领塔赖楚琥尔的从侄。

为躲避察哈尔部的进攻，阿鲁科尔沁部、翁牛特部、喀喇车里克部、伊苏特部投奔科尔沁部土谢图汗奥巴，从此脱离了蒙古阿鲁部的地理位置。

天启年间，敖汉部索诺木及其弟色臣卓哩克图、奈曼部衮楚克及其侄鄂其尔，因不满林丹汗，最早归附女真。

崇祯初年，阿鲁科尔沁部首领塔赖楚琥尔及其子穆章、翁牛特部首领逊杜棱和栋戴青、喀喇车里克部噶尔马伊尔登和摆沁伊尔登、伊苏特部寨桑达尔汉、茂明安部车根汗、乌喇特部俄木布、喀喇沁部苏布地、巴林部色特尔、扎鲁特部色本和内齐、四子部落僧格、索诺木、鄂木布、伊尔扎木率部归附女真。

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鄂尔多斯部为蒙古大汗察林丹汗属下部落。

鄂尔多斯汉译意思为众多的宫殿。鄂尔多斯部原为成吉思汗最忠诚的鄂尔多卫护部队。这支卫队的后裔，世世代代继承了祖先的职业，守护成吉思汗陵寝。

达延汗再次统一蒙古草原后，封其三子巴尔斯博罗特执掌河套地区，称为鄂尔多斯部。