桓温回到府中，即刻召集了亲信幕僚，密议起草废黜皇帝司马奕的诏书事宜。书房内烛光摇曳，气氛凝重而紧张，每个人都深知这份诏书的分量。
桓温亲自执笔，笔尖饱蘸浓墨，一旁的郗超也在构思着。
“昔者帝王御宇，必以德才兼茂者居之，以安邦国，抚万民。今观皇帝司马奕，虽承天命，然其才德不足以驭宇内，治乱未能平，民心未得安。今治道未彰，德行不修，致使朝纲不振，民心离散。流言四起，众议汹汹，皆言皇帝失德，难以再继大统。夫国家之根本，在于社稷之安；社稷之安，系于君德之纯。今皇帝失德，已非一日，若再守其位，恐国将不国，民将不宁。
故依祖宗成法，顺天应人，行废立之大事，以安社稷，以慰民心。”
写到这里，桓温停笔，目光扫过在座的众人，见他们皆面露肃穆之色。郗超喝了口茶水润了润喉咙继续道：“兹废皇帝司马奕为东海王，即日起迁居别宫，不得干预朝政。另立琅琊王司马昱，世胄之英，德才兼备，威望素着，即皇帝位，以承天命，抚安四方。望其能秉持天命，敬天爱民，使上下交泰，万物畅通，以续我大晋之万年基业。
布告遐迩，咸使闻知。自诏书颁行之日起，百官士民，皆当恪守新命，共襄盛举，以保我大晋江山永固，社稷长春。违者，必依国法严惩不贷。钦此！”
诏书写毕，桓温放下笔，凝视着这份即将改变国家命运的文书，心中既有如释重负之感，也有对未来的无限憧憬。他深知，这份诏书的发布，将是他政治生涯中的一次重大胜利，也是他对国家命运的一次深刻干预。
随后，桓温命人将诏书密封，并派遣心腹快马加鞭送往皇宫，呈交褚太后审阅。同时，他也开始着手准备废立大典的相关事宜，确保一切顺利进行，不留任何后患。
桓温还是有顾虑的，他怕褚太后突然反悔，那么如此大好局面流失，他必须用武力成就了。
很快诏书加盖太后印玺，桓温松了口气，郗超大喜：“明公，大事可成也！”
诏书一下，朝野震动，后知后觉的王彪之等人慌忙入宫求见太后，废立皇帝是大事，桓温直接绕过他们，威逼太后直接下诏书。
宫门深锁，王彪之等人焦急等待，忽然王彪之突然想起了什么：“快，来人立即出城让冠军将军慕容德速速进宫护驾。”一旁谢安摇头道：“来不及了，桓温的军队已经包围四营了，驻扎石头城的刘波也是动作频频。”
太后端坐于凤椅之上，神色凝重，似已预料到他们的来意。王彪之等人跪拜行礼后，未及太后开口，便纷纷陈词，言及废立之事关乎国本，不可轻动，更不可由桓温一人擅决，应召集百官，共商大计，方显公正。
太后闻言，心中五味杂陈。她深知桓温权势滔天，此次废立之举，实乃其一手操控，自己虽为太后，却也难以抗衡。然而，面对王彪之等人的忠言直谏，她又不禁动容，思及国家未来，百姓福祉，太后心中亦生犹豫。
“卿等所言极是，废立之事，确应慎之又慎。”太后缓缓开口，声音中带着一丝无奈与疲惫，“然桓温已决意如此，哀家虽有心挽回，却也是力不从心。且观当前局势，若强行阻止，恐生更大的变故。卿等以为如何？”
良久，王彪之长叹一口气道：“琅琊王昱，元帝血胤，宗室之望。”谢安心里明白琅琊王司马昱实际上也是好清谈之人，论起能力也不能压制桓温。
王彪之知道桓温不臣之心早已揭露，不可能以理说服他以阻止此事，于是开始协助桓温筹备废立的礼仪。
桓温的速度很快，当日，桓温之令如疾风骤雨，派遣散骑侍郎刘亨疾步入宫，以雷霆之势收缴了象征皇权的国玺，其势不可挡，迫使司马奕皇帝黯然离宫。司马奕身着单薄衣袍，步伐沉重地走出西堂，四周是冬日里凛冽的寒风，却不及他心中之寒。他缓缓登上简陋的牛车，车行缓慢，穿越神兽门，每一步都似踏在群臣心间，引起阵阵哀鸣。
群臣见状，无不痛心疾首，泪眼婆娑，纷纷跪拜于地，泣不成声，目送这位昔日君主渐行渐远。他们的哭泣，是对过往岁月的怀念，也是对现实无奈的控诉。然而，桓温之意志如铁，早已布下天罗地网，不容任何反抗的火花。
随后，桓温的部下率领着数百精锐兵士，如同钢铁洪流，将司马奕团团围住，护送着他踏上了返回原东海王府的凄凉之路。这一路上，没有昔日的辉煌与荣耀，只有无尽的落寞与苍凉。司马奕的身影，在夕阳的余晖下拉长，显得格外孤独与无助。
桓温命其弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到太极殿西堂去自首，自称与武陵王司马曦及子司马综、着作郎殷涓、太宰长中庚倩、散骑常侍庚柔等谋反。桓温将他们都逮捕入狱。
桓温迅速召集百官到会稽王府奉迎司马昱，桓温一见司马昱打算向司马昱陈述自己废立皇帝的本意。但司马昱见他不停流泪，令桓温战战兢兢，居然一句话都说不出来。
很快司马昱在朝堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面朝东方流涕，叩拜接受皇帝的印玺绶带，即日便即位为帝，改年号咸安。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。
司马昱即位，是为晋简文帝，褚太后无须临朝听政，被尊为崇德太后，移居崇德宫。
桓温扶持司马昱登基后迅速开始了清除异己的步伐。
先是杀东海王三子，又上奏疏诬告司马曦：“曦，宗室之胄，宠荣赫奕，然弗能遵王度，修己慎行，反聚轻薄之徒，匿亡命之薮。又其子综，性傲且暴，肆虐百姓……
黜曦之职，令其以王之尊，还归藩国。并罢其子综之任，解其子?散骑常侍之职，以靖国本，安人心。”
晋简文帝于是同意，黜废司马曦及其三子，将司马曦全家迁徙到新安郡。司马曦遭贬黜后，送八十五匹马、三百名士兵及其兵器归于桓温。殷涓、庾倩、庾柔等人都被族诛。