当一个省份的官军得到消息准备出击时，起义军早已转移到了另一个省份，让官军扑了个空。

为了应对这一局面，明廷不得不做出改变，设立总督一职，试图整合各方力量，对起义军进行全面的围剿。

陈奇瑜上任后，面临着巨大的挑战。他需要迅速熟悉各个省份的军事情况，协调不同地区的官军，制定出有效的作战策略。

他首先对各省份的兵力进行了详细的调查和统计。陕西，作为起义军活动的重要区域之一，有着数量可观的官军，但由于长期的战争消耗，士兵们疲惫不堪，装备也亟待更新。

山西，地处中原要冲，其官军的战斗力参差不齐，部分士兵缺乏实战经验。

河南，作为中原腹地，是起义军频繁出没的地方，这里的官军在以往的战斗中损失惨重，士气低落。湖广和四川，地势复杂，地形多样，官军在应对起义军的山地作战时，往往力不从心。

陈奇瑜深知，要想取得胜利，必须先解决这些问题。他开始着手整顿军队，加强训练。

他从各地抽调精锐士兵，组成了一支核心部队，作为围剿起义军的先锋力量。同时，他还积极筹措军饷，购买先进的武器装备，改善士兵们的作战条件。

在战略上，陈奇瑜制定了“随方剿抚”的策略。所谓“剿”，便是在起义军聚集力量、形成大规模部队时，集中优势兵力进行围剿；

而“抚”，则是在起义军力量相对薄弱或者出现内部矛盾时，采取招抚政策，分化瓦解起义军。

他认为，单纯的军事镇压并不能彻底解决问题，必须恩威并施，才能从根本上消灭起义军。

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然而，起义军也并非等闲之辈。他们在长期的战斗中，积累了丰富的经验，对明朝官军的战术和行动规律也有了一定的了解。

面对陈奇瑜的围剿，他们采取了灵活多变的应对策略。

起义军深知自己在兵力和装备上与官军相比处于劣势，因此他们充分利用地形优势，选择在山区、丛林等复杂地形中活动。

这些地方道路崎岖，官军的大规模部队难以展开行动，而起义军则凭借着对地形的熟悉，能够迅速转移，躲避官军的追击。

同时，起义军还注重情报的收集。他们在各地建立了自己的情报网络，通过百姓的支持，能够及时了解官军的动向。

一旦得知官军的围剿计划，他们便会提前做好准备，或者转移阵地，或者设下埋伏，给予官军沉重的打击。

在与陈奇瑜的多次交锋中，起义军展现出了顽强的斗志和出色的战斗能力。

陈奇瑜虽然采取了一系列措施，但在初期的围剿行动中，并没有取得显着的成效。

起义军依然在各地频繁活动，他们的势力范围不断扩大，对明朝的统治构成的威胁也越来越大。

明朝的地方官员们，对陈奇瑜的期望很高。他们纷纷向他汇报起义军的情况，希望他能够尽快消灭起义军，恢复地方的安宁。

然而，随着时间的推移，他们发现陈奇瑜的围剿行动进展缓慢，不禁开始对他产生了质疑。