一些官员认为，陈奇瑜过于谨慎，在作战时犹豫不决，错失了许多良机。

他们建议陈奇瑜采取更加激进的战术，集中兵力，一举消灭起义军。

而另一些官员则认为，陈奇瑜的“随方剿抚”策略过于理想化，在实际操作中很难实现。他们主张加大军事打击力度，不要轻易对起义军进行招抚。

面对这些质疑和建议，陈奇瑜陷入了两难的境地。

他深知，自己肩负着朝廷的重托，一旦失败，后果不堪设想。

但他也明白，起义军的力量不容小觑，必须谨慎行事。他开始反思自己的战略和战术，试图找到一种更加有效的方法来应对起义军。

在这个过程中，陈奇瑜也意识到，仅仅依靠军事手段是不够的。

要想彻底解决农民起义问题，还必须从根本上解决社会矛盾。

他向朝廷上书，建议减轻百姓的赋税负担，改善民生，以减少百姓对起义军的支持。

然而，他的建议并没有得到朝廷的充分重视。明朝的统治阶层，长期以来沉迷于享乐，对百姓的疾苦视而不见。

他们不愿意放弃自己的既得利益，对陈奇瑜的建议置若罔闻。

与此同时，起义军内部也在不断发生变化。随着势力的壮大，起义军内部出现了不同的声音和利益集团。

一些起义军领袖开始追求个人利益，与其他领袖之间产生了矛盾和分歧。这些内部矛盾，在一定程度上削弱了起义军的力量。

陈奇瑜敏锐地察觉到了这一点，他开始加大对起义军的分化瓦解力度。

他利用起义军内部的矛盾，对一些意志不坚定的起义军将领进行招抚。

一些起义军将领在陈奇瑜的诱惑下，选择了投降官军。这一举措，虽然在一定程度上削弱了起义军的力量，但并没有从根本上解决问题。

随着时间的推移，陈奇瑜与起义军之间的战争进入了僵持阶段。双方在战场上互有胜负，但都无法取得决定性的胜利。

这场战争，不仅消耗了大量的人力、物力和财力，也给百姓带来了巨大的灾难。无数百姓在战争中失去了家园和亲人，生活陷入了水深火热之中。

在这场战争中，陈奇瑜虽然努力地履行着自己的职责，但由于各种因素的限制，他最终未能实现剿灭起义军的目标。

他的总督生涯，充满了艰辛和无奈。然而，他的尝试和努力，却成为了明朝末年历史的一部分，也为后人研究这段历史提供了重要的参考。

明朝末年，农民起义的烽火依然在燃烧，而明朝政府在应对起义军的过程中，不断地调整策略，试图挽救岌岌可危的统治。

陈奇瑜的任命，只是这个过程中的一个片段，但它却深刻地反映了当时的社会矛盾和政治局势。

在这场农民起义与明朝政府的博弈中，最终的结局将决定着中国历史的走向。